Pairwise Align Codons 双序列密码子比对工具

格式转换工具

-合并FASTA序列
-EMBL转换FASTA格式
-EMBL序列特征提取器
-EMBL翻译区提取器
-过滤DNA
-过滤蛋白质
-GenBank转换为FASTA
-GenBank序列特征提取器
-GenBank翻译区提取器
-氨基酸单字母到三字母转换
-DNA序列区段提取器
-蛋白序列区段提取器
-反向互补
-密码子分离器
-分割FASTA
-单字母蛋白序列转换
-滑动窗口方式提取DNA序列
-滑动窗口方式提取蛋白序列

序列分析工具

序列图形化分析工具

-颜色法标记DNA/蛋白保守区
-颜色法标记蛋白残基生化相似度
-DNA序列分组格式化
-蛋白序列分组格式化
-引物模板匹配工具
-酶切位点标记图
-DNA翻译图谱

随机序列

-随机突变DNA序列
-随机突变蛋白序列
-随机生成cDNA序列
-随机生成DNA序列
-随机突变特定位置的DNA
-随机生成蛋白序列
-随机突变蛋白序列的特定位置
-DNA随机采样
-蛋白质随机采样
-打乱DNA序列
-打乱蛋白序列

Miscellaneous

-IUPAC编码表
-密码子表
-浏览器兼容性要求
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-单机使用
-关于
-致谢
-参考文献

The Sequence Manipulation Suite Copyright © 2000, 2004 Paul Stothard. Send questions and comments to stothard@ualberta.ca

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Sequence Manipulation Suite:

Pairwise Align Codons

双序列密码子比对工具能够用最优化的方式比对两个序列。比对所用的打分矩阵来自于Schneider et al. (2005)。此双序列密码子比对工具用于查找保守编码区。只允许ACGTU作为合法碱基字符。

输入原始序列或者FASTA格式序列，长度限定在6000以内。

输入原始序列或者FASTA格式序列，长度限定在6000以内。

Use the following parameters to specify how alignments are scored.

Value for gaps preceding a sequence
Value for internal gaps
Value for gaps following a sequence

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